Elle est la deuxième plus ancienne synagogue d'Europe qui fut fondée au XIVe siècle. Elle tire ses origines de l'année 1408 et fut construite par les Juifs qui sont venus à Dubrovnik de l'Espagne. Elle a été très endommagée pendant le séisme de 1667.
Elle conserve les objets sacrés du 16ème au 18ème siècle. Une partie de ces objets fut exposés à l'exposition de New York en 1993. Ils y sont restés pendant cinq ans parce que les exposants les ont voulu garder. Cependant, après la décision du tribunal ils ont été rendu à Dubrovnik. Pendant la Seconde Guerre mondiale, la Torah et les objets précieux ont été portés à une location inconnue et plus tard ils furent retournés.
La rue où se trouve la synagogoue s'appele rue Žudioska. Dans le passé, au début de la rue du côté de Stradun se trouvait une porte qui formait un quartier où vivaient uniquement les Juifs.